MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD1 plasmid pSotonD1

Total Repeats: 167

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020986	TGG	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020986	TGG	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020986	TGG	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020986	TGG	2	6	78	83	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020986	A	6	6	111	116	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020986	TATCT	2	10	241	250	20 %	60 %	0 %	20 %	478472956
7	NC_020986	A	6	6	257	262	100 %	0 %	0 %	0 %	478472956
8	NC_020986	GTT	2	6	396	401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472956
9	NC_020986	AT	3	6	476	481	50 %	50 %	0 %	0 %	478472956
10	NC_020986	T	6	6	522	527	0 %	100 %	0 %	0 %	478472956
11	NC_020986	T	8	8	580	587	0 %	100 %	0 %	0 %	478472956
12	NC_020986	ATTG	2	8	632	639	25 %	50 %	25 %	0 %	478472956
13	NC_020986	T	6	6	693	698	0 %	100 %	0 %	0 %	478472956
14	NC_020986	A	7	7	726	732	100 %	0 %	0 %	0 %	478472956
15	NC_020986	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472956
16	NC_020986	GT	4	8	1018	1025	0 %	50 %	50 %	0 %	478472956
17	NC_020986	A	6	6	1117	1122	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020986	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472957
19	NC_020986	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472957
20	NC_020986	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472957
21	NC_020986	GA	3	6	1333	1338	50 %	0 %	50 %	0 %	478472957
22	NC_020986	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478472957
23	NC_020986	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472957
24	NC_020986	TCTG	2	8	1470	1477	0 %	50 %	25 %	25 %	478472957
25	NC_020986	GAAA	2	8	1496	1503	75 %	0 %	25 %	0 %	478472957
26	NC_020986	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472957
27	NC_020986	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478472957
28	NC_020986	T	8	8	1612	1619	0 %	100 %	0 %	0 %	478472957
29	NC_020986	AGGA	2	8	1629	1636	50 %	0 %	50 %	0 %	478472957
30	NC_020986	A	6	6	1688	1693	100 %	0 %	0 %	0 %	478472957
31	NC_020986	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472957
32	NC_020986	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472957
33	NC_020986	T	6	6	1838	1843	0 %	100 %	0 %	0 %	478472957
34	NC_020986	GATTA	2	10	1856	1865	40 %	40 %	20 %	0 %	478472957
35	NC_020986	A	6	6	1932	1937	100 %	0 %	0 %	0 %	478472957
36	NC_020986	TGTT	2	8	1962	1969	0 %	75 %	25 %	0 %	478472957
37	NC_020986	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472957
38	NC_020986	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472957
39	NC_020986	AAT	2	6	2173	2178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020986	GTT	2	6	2182	2187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020986	T	7	7	2209	2215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020986	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472958
43	NC_020986	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472958
44	NC_020986	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478472958
45	NC_020986	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472958
46	NC_020986	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472958
47	NC_020986	GT	3	6	2557	2562	0 %	50 %	50 %	0 %	478472958
48	NC_020986	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472958
49	NC_020986	AT	3	6	2732	2737	50 %	50 %	0 %	0 %	478472958
50	NC_020986	A	8	8	2772	2779	100 %	0 %	0 %	0 %	478472958
51	NC_020986	TTCT	2	8	2808	2815	0 %	75 %	0 %	25 %	478472958
52	NC_020986	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472958
53	NC_020986	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472958
54	NC_020986	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472958
55	NC_020986	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472958
56	NC_020986	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	478472958
57	NC_020986	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472958
58	NC_020986	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472958
59	NC_020986	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472958
60	NC_020986	CTTAA	2	10	3160	3169	40 %	40 %	0 %	20 %	478472958
61	NC_020986	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472958
62	NC_020986	AT	3	6	3284	3289	50 %	50 %	0 %	0 %	478472958
63	NC_020986	GTTT	2	8	3334	3341	0 %	75 %	25 %	0 %	478472958
64	NC_020986	AGGA	2	8	3454	3461	50 %	0 %	50 %	0 %	478472958
65	NC_020986	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472958
66	NC_020986	A	6	6	3565	3570	100 %	0 %	0 %	0 %	478472958
67	NC_020986	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472959
68	NC_020986	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472959
69	NC_020986	TTTC	2	8	3714	3721	0 %	75 %	0 %	25 %	478472959
70	NC_020986	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472959
71	NC_020986	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472959
72	NC_020986	GGAT	2	8	3834	3841	25 %	25 %	50 %	0 %	478472959
73	NC_020986	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472959
74	NC_020986	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472959
75	NC_020986	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472959
76	NC_020986	ATATAG	2	12	4105	4116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478472959
77	NC_020986	CAC	2	6	4135	4140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478472959
78	NC_020986	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472959
79	NC_020986	TTA	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472959
80	NC_020986	AACGTT	2	12	4368	4379	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478472959
81	NC_020986	AT	3	6	4391	4396	50 %	50 %	0 %	0 %	478472959
82	NC_020986	A	7	7	4434	4440	100 %	0 %	0 %	0 %	478472959
83	NC_020986	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472959
84	NC_020986	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472959
85	NC_020986	CT	3	6	4533	4538	0 %	50 %	0 %	50 %	478472959
86	NC_020986	A	6	6	4539	4544	100 %	0 %	0 %	0 %	478472959
87	NC_020986	TAAA	2	8	4558	4565	75 %	25 %	0 %	0 %	478472959
88	NC_020986	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472959
89	NC_020986	ATTA	2	8	4620	4627	50 %	50 %	0 %	0 %	478472959
90	NC_020986	ATTT	2	8	4654	4661	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020986	A	6	6	4674	4679	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020986	ATA	2	6	4742	4747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472960
93	NC_020986	AAT	2	6	4788	4793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472960
94	NC_020986	ACA	2	6	4801	4806	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472960
95	NC_020986	AAT	2	6	4864	4869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472960
96	NC_020986	TCA	2	6	4870	4875	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472960
97	NC_020986	TTG	2	6	4976	4981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472960
98	NC_020986	TTG	2	6	5035	5040	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472960
99	NC_020986	AAC	2	6	5050	5055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472960
100	NC_020986	TAA	2	6	5067	5072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472960
101	NC_020986	AGG	2	6	5121	5126	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472960
102	NC_020986	CAG	2	6	5186	5191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472960
103	NC_020986	ATT	2	6	5194	5199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472960
104	NC_020986	GGC	2	6	5215	5220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478472960
105	NC_020986	GTT	2	6	5221	5226	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472960
106	NC_020986	TCA	2	6	5281	5286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472960
107	NC_020986	T	6	6	5451	5456	0 %	100 %	0 %	0 %	478472960
108	NC_020986	CAAA	2	8	5470	5477	75 %	0 %	0 %	25 %	478472960
109	NC_020986	AAAAG	2	10	5563	5572	80 %	0 %	20 %	0 %	478472961
110	NC_020986	TTA	2	6	5585	5590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472961
111	NC_020986	A	6	6	5608	5613	100 %	0 %	0 %	0 %	478472961
112	NC_020986	CAA	2	6	5725	5730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472961
113	NC_020986	ATT	2	6	5748	5753	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472961
114	NC_020986	A	6	6	5802	5807	100 %	0 %	0 %	0 %	478472961
115	NC_020986	T	6	6	5903	5908	0 %	100 %	0 %	0 %	478472962
116	NC_020986	GGA	2	6	5920	5925	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472962
117	NC_020986	ACA	2	6	5935	5940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472962
118	NC_020986	A	6	6	5983	5988	100 %	0 %	0 %	0 %	478472962
119	NC_020986	TCT	2	6	6025	6030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472962
120	NC_020986	ATCA	2	8	6102	6109	50 %	25 %	0 %	25 %	478472962
121	NC_020986	A	7	7	6120	6126	100 %	0 %	0 %	0 %	478472962
122	NC_020986	CAT	2	6	6149	6154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472962
123	NC_020986	AAC	2	6	6202	6207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472962
124	NC_020986	ATA	2	6	6256	6261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472962
125	NC_020986	CCTAG	2	10	6271	6280	20 %	20 %	20 %	40 %	478472962
126	NC_020986	AAG	2	6	6293	6298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472962
127	NC_020986	TTG	2	6	6302	6307	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472962
128	NC_020986	AATT	2	8	6317	6324	50 %	50 %	0 %	0 %	478472962
129	NC_020986	TTCTA	2	10	6348	6357	20 %	60 %	0 %	20 %	478472962
130	NC_020986	TCGG	2	8	6388	6395	0 %	25 %	50 %	25 %	478472962
131	NC_020986	GAA	3	9	6403	6411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472962
132	NC_020986	GAT	2	6	6442	6447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472962
133	NC_020986	TA	3	6	6469	6474	50 %	50 %	0 %	0 %	478472962
134	NC_020986	T	6	6	6506	6511	0 %	100 %	0 %	0 %	478472962
135	NC_020986	CAA	2	6	6512	6517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472962
136	NC_020986	TCG	2	6	6522	6527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472962
137	NC_020986	TC	3	6	6535	6540	0 %	50 %	0 %	50 %	478472962
138	NC_020986	TCT	2	6	6549	6554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472962
139	NC_020986	AGA	2	6	6558	6563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472962
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.